به دلیل استفاده بیشتر از سموم و نیز به دلیل تولید سم پروتئینی در بخشهای سبز گیاهان تراریخته مقاوم به آفت، تغییرات ژنتیکی باعث آسیب به برخی موجودات (مانند آفات و حشرات) در اکوسیستم می‌شود و از تنوع زیستی آن‌ها می‌کاهد و خطری برای محیط زیست می‌باشد، از سوی دیگر یک گیاه دستکاری شدۀ آلوده شده به یک ژن خارجی، چنانچه در مزرعه کشت شود این آلودگی توسط گرده افشانی در محیط زیست پخش می‌شود و ارقام بومی و سایر ذخایر ژنتیکی را هم آلوده خواهد ساخت و تنوع زیستی را در معرض نابودی قرار خواهد داد.