در استان یزد 20باب موزه فعال است که نیمی از آن زیر نظر دستگاههای دولتی و بقیه توسط بخش غیر دولتی و به صورت مشارکتی با میراث فرهنگی اداره می شود.
مهتمرین موزه های استان یزد بدین شرح است
موزه زیلو و پلاس میبد
درموزه زیلو وپلاس میبد که در سال 1381در محل فرهنگی وتاریخی کاروانسرای میبد افتتاح شد، 115تخته زیلوهای قدیمی و جدید نگهداری می شود.
قدیمی ترین این زیلوها، متعلق به سال 808هجری قمری است که توسط علی بیدی ابن حاجی میبدی با طرح محرابی و فنون خاصی بافته شده است.
موزه مردم شناسی ابرکوه
موزه مردم شناسی ابرکوه در سال 1383در خانه صولت یکی از بناهای تاریخی متعلق به دوره قاجار راه اندازی شده است.
در این موزه ، 525شی قدیمی شامل انواع تفنگ ، تپانچه، سندهای قدیمی ، سکه های قدیمی رایج ایران، اشیای تزیینی و نسخ خطی وجود دارد.
قدیمی ترین اثر این موزه به دوران اولیه اسلام تعلق دارد.
موزه رجال اردکان
موزه رجال اردکان در سال 1383در منزل مسکونی مرحوم آیت الله خاتمی که از ابنیه تاریخی شهرستان اردکان است تاسیس شد.
در این موزه، 28مورد زندگی نامه، تصاویر و آثار مکتوب مشاهیر و علمای بزرگ اردکان از جمله زندگی نامه مرحوم آیت الله شیخ عبدالکریم حائری، حاج شیخ علی بهجتی،آخوندملاعلی اردکانی و آیت الله حاج سید محمد رضا خاتمی نگهداری می شود.
موزه سفال و سرامیک میبد
موزه سفال و سرامیک میبد در آب انبار حاج علی محمد میبد در حال احداث است که فضایی برای نگهداری انواع سفال های زیبا و سنتی شهرستان میبد از جمله انواع ظروف، سرویس های سفال رومیزی و سفالهای قدیمی وجود دارد.
موزه مردم شناسی تفت
موزه مردم شناسی تفت در یکی از بناهای تاریخی و فرهنگی متعلق به دوره قاجار فعالیت دارد.
در این موزه، اشیای قدیمی مردم شناسی شامل ادوات جنگی و کشاورزی، پوشاک سنتی، اسناد و قباله های قدیمی نگهداری خواهد شد.
موزه آب یزد
موزه آب یزد همزمان با برگزاری نخستین همایش بین المللی قنات، اردیبهشت سال 1379در محل خانه کلاهدوزهای شهر یزد افتتاح شد.
اشیای موجود در این موزه شامل وسایل حفر قنات ، ابزار و ادوات اندازه گیری حجم آب، وسایل تامین روشنایی در قنات ، اسناد و مدارک خرید و فروش آب ، وقف نامه های قدیمی، کتابچه میراب ها و اسناد توزیع آب است.
موزه مردم شناسی اردکان
موزه مردم شناسی اردکان در سال 1370راه اندازی شده است شامل بخشهای بخش مردم شناسی ، باستان شناسی، گیاه شناسی، جانور شناسی، فرهنگی و اسناد است.
موزه اسناد و نسخ خطی میرزا محمد کاظمینی
موزه اسناد و نسخ خطی میرزا محمد کاظمینی در سال 1382تاسیس شده است و در آن هشت هزار و 40نسخه خطی نگهداری می شود.
مجموعه اسناد و نسخ خطی این موزه شامل صدها سند تاریخی و کتب خطی در موضوعات گوناگون ، به ویژه علوم قرآنی و ادبی است.
از آثار ارزشمند این گنجینه گران سنگ می توان به قرآن مجید مربوط به سده هفتم هجری، نسخه ای از دیوان حافظ سده نهم هجری، شجره نامه آدم تا خاتم و سلسله سادات عریضی دو اصفهان به طول 36مترمربع اشاره کرد.
موزه مردم شناسی میبد
موزه مردم شناسی میبد وابسته به مجموعه فرهنگی امام صادق (ع) است و در سال 1378گشایش یافت.
این گنجینه با تلاش و کوشش تنی چند از اعضا این مجموعه و فرهنگ دوستان و علاقه مندان به حفظ میراث باستانی کشور و همکاری مردم آماده شد.
اشیای به نمایش گذاشته شامل انواع سفالینه ها، دست افزارهای گوناگون ، سنگ نبشته ها و نقش نگاره ها، اسکناس و سکه های تاریخی ، نسخ و کتابهای خطی است.
قطعات سفالینه با قدمت بیش از چهار هزار سال که مربوط به عهد سلوکیان و سکه های دوره هخامنشی از مهمترین اشیای به نمایش گذاشته شده در این موزه است.
موزه وزیری
در این موزه کتب و قرآن های نفیس خطی، اسناد و قباله ازدواج، وقف نامه ها، سکه های ضرب یزد از قرن هفتم تا دوره قاجار، فرمان های سلاطین، حکام و رجال پارچه های ترمه و ظروف سرامیک نگهداری می شود.
موزه سکه و مردم شناسی حیدرزاده
در موزه یاد شده در سال 1380در خانه عرب زاده از بناهای قدیمی دوره قاجاریه راه اندازی شده است.
در این موزه چهار هزار و 800شی تاریخی از جمله مجموعه قفل، زینت آلات، نقره ، تسبیح ، زنجیر، انگشتر، ترازو ، قپان، منقل ، سماور، قباله معاملات ملکی و نامه های مختلف، اشیای با ارزش مردم شناسی نگهداری می شود .
موزه علوم طبیعی یزد
این مرکز آموزشی پژوهشی به عنوان اولین موزه وابسته به آموزش و پرورش یزد است که دارای بخش های متنوعی چون بخش علوم طبیعی شامل زیست گیاهی و جانوری زمین شناسی ، بخش نجوم شامل رصدخانه، افلاک نما و بخش ریاضی شامل مدل های مختلف کار با ریاضی ، رایانه است.
موزه تاریخ طبیعی مرکز مطالعات زیست محیطی
این موزه در سال 1383با هدف آشنایی دانشجویان با گونه های مختلف جانوری استان و کشور و انواع مختلف پرندگان، آبزی ، کنارآبزی ، شکاری در اداره کل حفاظت محیط زیست استان یزد راه اندازی شد.
موزه پست میبد
در این موزه که توسط اداره کل پست استان در محل تاریخی چاپارخانه میبد برپا شده است، تمبرهای یادبود از زمان قاجاریه تاکنون، پاکت نامه های قدیمی ، ترازوهای قدیمی ، مهرها و صندوق های پستی، وسایل و تجهیزات ارتباطی شبکه مخابرات استان یزد از گذشته تاکنون به نمایش گذاشته شده است.
موزه ایینه و روشنایی یزد
در موزه آیینه و روشنایی یزد که سال 1377تاسیس شده است، انواع روشنایی شامل پی سوزها، شمع، نفت سوزها، گازسوزها و برق سوزها همچنین مجموعه آیینه ها نگهداری می شود.
این موزه با زیر بنای 837 متر مربع در باغی مصفا با وسعت 8174 متر مربع قرار دارد.
این موزه تنها موزه تخصصی در رابطه با موضوع روشنایی در ایران است و شامل انواع پیه سوز، شمع سوز، نفت سوز و اشیای برقی است.
اشیای موجود در این موزه از جنس سفال، شیشه، برنج، مس و برنز است.
از اشیای خاص موجود در این موزه می توان به پیه سوزهای پایه دار چند شعله سفالی، آیینه های سنگی و کارهای هنری انجام شده بر روی شیشه و آیینه اشاره کرد.
موزه مردم شناسی مهریز
موزه مردم شناسی مهریز سال 1381درمحل حمام قدیمی استهریج مهریز راه اندازی شده است.
این محل تا چندی پیش به عنوان حمام مورد استفاده مردم بود که با مرمت و بازسازی و تغییر کاربری به موزه مردم شناسی تبدیل شد.
در این موزه، 742شی ء قدیمی و مردم شناسی شامل ابزار و ادوات جنگی و کشاورزی ، پوشاک سنتی ، اسناد و قباله های قدیمی ، ظروف شیشه ای و فلزی ، سفالی و غیره به نمایش گذاشته شده است.
موزه علوم طبیعی یزد
موزه علوم یزد در سال 1367 توسط اداره کل آموزش و پرورش و زیر نظر هیات علمی تاسیس شد و با حمایت های بی دریغ استانداری و سازمان برنامه و بودجه توسعه یافت. این موزه در بخشی از بنای دبیرستان ایرانشهر یزد قرار دارد.
مساحت آن حدود سه هزار و 500 متر مربع است و در حال حاضر دارای بخش های جانور شناسی، گیاه شناسی، زمین شناسی، نجوم، فیزیک، تاریخ طبیعی و کارگاه تاکسیدرمی است.
هدف از تاسیس این موزه، گردآوری جانوران و موجودات مختلف تاکسیدرمی شده، نمایش پدیده های جالب فیزیکی و همچنین شکل یابی بخش های مختلف از جمله بخش علوم طبیعی و زیستی، بخش نجوم و فیزیک بود.
استان یزد حدود یکهزارو 600 اثر تاریخی دارد.