حضرت آیت‌ا... خامنه‌ای در پیامی درگذشت عالم بزرگوار آیت‌ا... حاج سیدمحمدباقر خوانساری را تسلیت گفتند. متن پیام رهبر انقلاب به این شرح است: «درگذشت عالم بزرگوار مرحوم آیت‌ا... آقای حاج سیدمحمدباقر خوانساری رحمت‌ا...علیه را که از نخستین روزهای نهضت امام خمینی رضوان‌ا...علیه در شمار مدافعان فعال نهضت محسوب می‌شدند و اقدامات ایشان در نجف اشرف در حمایت از امام خمینی منشأ اثر بود، به بازماندگان محترم و عموم ارادتمندان و علاقه‌مندان به ایشان تسلیت عرض می‌کنم و علو درجات آن مرحوم را از خداوند متعال خواستارم.»